Babası Susurluk'lu Çerkez Arif Bey, annesi ise Çerkez Müzeyyen Hanım'dır. Genç yaşta annesini kaybetmiş ve çocukluğu Susurluk'ta geçmiştir.
Eğitim hayatını Bursa Işıklar Askeri Lisesi ve Ankara Kara Harp Okulu'nda tamamlayarak askeri kariyerine başlamıştır.
Askeri yaşamında çeşitli görevler üstlenen Doğan, Belçika ve İtalya'da NATO görevlerinde bulunmuş, çeşitli askeri eğitimler almıştır. Türkiye'de de çeşitli birliklerde ve kurumlarda görev yapmış, 1987 yılında Tuğgeneral rütbesine yükselmiştir. Özellikle 1990'lı yıllarda önemli komuta ve planlama görevlerinde bulunmuş, 28 Şubat sürecinde etkin rol oynamıştır.
2003 yılında emekli olduktan sonra Bodrum'a yerleşmiş ve hayatının dönüm noktası olarak 2010 yılında "Balyoz Planı" iddialarıyla gündeme gelmiştir. Bu iddialar sonucunda tutuklanmış ve Balyoz davası kapsamında yargılanmıştır. İlk olarak ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasına çarptırılan Doğan, daha sonra cezası 20 yıla indirilmiştir.
Askeri kariyerinin yanı sıra Ahmet Yesevi Üniversitesi mütevelli heyeti başkanlığı gibi sivil görevlerde de bulunmuş, ancak 28 Şubat davası sonucunda müebbet hapis cezasına çarptırılmıştır.
Çetin Doğan, evli olup Barış adında bir oğlu ve Pınar adında bir kızı bulunmaktadır.
